Penjaminan mutu dilaksanakan secara berjenjang yaitu pada tingkat Universitas melalui Badan Jaminan Mutu (BJM), Gugus Jaminan Mutu (GJM) pada tingkat Fakultas dan Unit Jaminan Mutu (UJM) pada tingkat program studi. Penjaminan mutu dilakukan sebagai bagian dari suatu proses kegiatan yang meliputi penilaian terhadap standar pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Pusat Jaminan Mutu di Universitas Malikussaleh dibentuk pada tahun 2005 yang pada dasarnya memiliki tugas, tanggung jawab dalam rangka penjaminan mutu pendidikan di Universitas Malikussaleh. Badan Jaminan Mutu dibentuk melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Malikussaleh Nomor 216/UNIMAL.H/C/KEP/2005 tanggal 9 Agustus 2005 tentang Tim Akreditasi dan Pengendalian Mutu Universitas Malikussaleh. Tugas pokok BJM Unimal diperkuat melalui fungsi monitoring dan evaluasi di dalam pelaksanaan audit mutu akademik internal pada fakultas dan di masing-masing Program Studi dengan melaksanakan pengkajian, pengukuran dan evaluasi mutu pendidikan, sehingga terwujudnya pendidikan yang terstandar, produktif, kreatif, inovatif, dan profesional serta mampu melaksanakan penjaminan mutu pendidikan sesuai dengan kebijakan nasional.
Secara organisasi, kedudukan BJM Unimal merupakan fungsi staf, dimana Ketua Tim BJM ditugaskan oleh Rektor dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor. Struktur organisasi BJM Unimal terdiri dari 1 orang ketua, sekretaris, bendahara, dan didukung oleh staf bagian umum, data dan informasi, bagian kajian mutu pendidikan, bagian pemberdayaan dan pelatihan. Bagian Kajian Mutu Pendidikan didukung oleh seksi audit internal dan seksi monev internal. Untuk mendukung pelaksanaan penjaminan mutu pada tingkat fakultas dengan adanya GJM yang selalu melakukan fungsi monitoring dan evaluasi di dalam pelaksanaan audit mutu akademik internal pada fakultas. Sedangkan pada tingkat program studi dilakukan oleh UJM. Pada tingkat UJM hanya ada masing-masing satu koordinator pada masing-masing prodi.
Ruang lingkup audit mutu akademik internal dimulai dengan memfokuskan pada kelengkapan dokumen standar mutu yang meliputi Dokumen Akademik, yang terdiri dari kebijakan akademik, standar akademik, peraturan akademik, dan Dokumen Mutu. Kemudian dikembangkan kepada kepatuhan dan ketertiban
pelaksanaannya, meliputi butir-butir sebagai berikut:
- Spesifikasi program studi, tujuan pendidikan, dan kompetensi lulusan.
- Kurikulum, peta kurikulum, dan silabus.
- Perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi proses.
- Sarana-prasarana, dan sumber daya pembelajaran.
- Indikator keberhasilan proses pembelajaran;
- Upaya perbaikan mutu berkelanjutan.
